L'étanchéité est de 200 m, ce chiffre a diminué avec le diamètre : les Pelagos étaient à l'origine introduites dans un boîtier de 42 mm avec une étanchéité de 500 m et étaient équipées d'une valve à hélium (la Pelagos 39 n'en est pas équipée) .
La hauteur du boîtier de la nouveauté a également diminué - seulement 11,8 mm (-2,5 mm). La Pelagos 39 est animée par son propre calibre MT5400, qui équipe la Black Bay Fifty-Eight. C'est un calibre automatique avec une réserve de marche de 70 heures.
