L'impermeabilità è di 200 M. Questo dato è diminuito insieme al diametro: i Pelagos erano originariamente presentati in una cassa da 42 mm con un'impermeabilità di 500 m ed erano dotati di una valvola di rilascio dell'elio (il Pelagos 39 non ha questa) .
Anche l'altezza della cassa della novità è diminuita: solo 11,8 mm (-2,5 mm). Il Pelagos 39 è alimentato dal proprio calibro MT5400, utilizzato nel Black Bay Fifty-Eight. Questo è un calibro automatico con una riserva di carica di 70 ore.
