Vodotesnosť je 200 m. Tento údaj sa znižuje spolu s priemerom: Pelagos boli pôvodne predstavené v 42 mm puzdre s vodotesnosťou 500 m a boli vybavené vypúšťacím ventilom hélia (Pelagos 39 ho nemá) .
Výška puzdra novinky tiež klesla - iba 11,8 mm (-2,5 mm). Pelagos 39 poháňa vlastný kaliber MT5400, ktorý sa používa v Black Bay Fifty-Eight. Ide o automatický kaliber s rezervou chodu 70 hodín.
