Водонепроницаемость составляет 200 м. Этот показатель снизился вместе с диаметром: изначально Pelagos были представлены в корпусе 42 мм с водонепроницаемостью 500 м и оснащались клапаном выпуска гелия (у Pelagos 39 его нет).
Высота корпуса новинки тоже ушла вниз — всего 11,8 мм (-2,5 мм). Pelagos 39 оснащаются собственным калибром MT5400, который используется в Black Bay Fifty-Eight. Это автоматический калибр с 70-часовым запасом энергии.
